Форматировать флешку телефона или предназначенную для любого другого устройства необходимо в самом этом устройстве, в нашем случае в телефоне, в котором она будет использоваться.
Это связано с тем, что телефон отформатирует флешку именно в том формате, в котором он будет с ней работать. Если вы самостоятельно отформатируете фшелку через картридер, телефон, скорее всего, предложит ее переформатировать, так как с форматом файловой системы вы можете не угадать.
Подробнее о форматировании флешек читайте в статье: Форматировать флешку в ntfs